受新冠肺炎疫情和运营船舶通航密度大的影响，项目建设面临诸多挑战，通过项目指挥部和现场协调指挥小组联动机制，海事、航标、港口、引航、海关、边检、代建单位、码头企业、施工单位等多部门形成合力，在无一艘船舶因航道施工滞港的情况下，提前3个月达到通航10万吨级集装箱船的条件，将有力推动广西自贸试验区钦州港片区建设国际集装箱干线港、发展向海经济产业集聚区、打造中国—东盟合作示范区目标的实现。同时2020年上半年，广西北部湾港逆势上扬，完成货物吞吐量13957万吨，同比增长16.4%;完成集装箱吞吐量213万标箱，增速在全国沿海主要港口中排名第一，再创北部湾“速度”。